盐酸小檗碱片和黄连素这两种药物在临床上常被用作消化系统疾病的治疗药物，但它们之间存在着一些区别。
首先，盐酸小檗碱片的主要成分是小檗碱，属于黄连科植物小檗的根、茎、叶，经过提取及纯化制成。而黄连素的主要成分是黄连中的生物碱。
其次，在临床应用方面，盐酸小檗碱片常用于治疗消化系统感染、胃肠功能紊乱等疾病，具有抗菌、抑制胆固醇吸收、解痉等功效。而黄连素主要用于治疗肝炎、胃炎、溃疡等疾病，具有抗炎、抑菌、保护肝脏等作用。
需要注意的是，盐酸小檗碱片和黄连素虽然有相似的作用，但是使用时需要根据具体病情和医生建议选择合适的药物。